Chimie thérapeuthique
Chimie computationelle
Les scientifiques du Centre de recherche thérapeutique de Merck Frosst font appel à des méthodes de simulation par modélisation numérique pour accélérer le processus de mise au point de composés possédant les propriétés recherchées. Les molécules peuvent être conçues et visualisées sur un écran d’ordinateur, puis greffées au site actif d’une enzyme virtuelle, avant même que le composé réel ne soit créé. La forte capacité prédictive de cette technique a suscité beaucoup d’intérêt. D’ailleurs, cette technique est maintenant utilisée de façon régulière dans d’autres programmes.
Les spécialistes de la Chimie computationnelle de Merck Frosst recherchent dans la vaste base de données de molécules, tant réelles que virtuelles, les candidats appropriés pour des cibles biologiques précises. Ils calculent les champs de force et la structure électronique de petites molécules pour en déterminer les propriétés moléculaires telles que l’énergie, la géométrie et la réactivité.
Les études sur les composantes structurales reposent sur des structures protéiques établies expérimentalement pour la cible thérapeutique. Ces études font appel à des méthodes à effet de force dont le Merck Molecular Force Field (MMFF) et AMBER, à la dynamique moléculaire et à des calculs d’énergie libre sur des systèmes explicitement solvatisés, de même qu’à des techniques traditionnelles de minimisation en phase gazeuse. Lorsque la structure d’une cible thérapeutique est inconnue, des méthodes plus abstraites, telles la recherche par similarité/dissimilarité et la cartographie des pharmacophores, peuvent être utilisées. Un grand nombre de ces méthodes computationnelles a été mis de l’avant par les Laboratoires de recherche Merck à l’échelle mondiale. Ces derniers, par l’expertise de leurs employés, ont pu ainsi élaborer une base solide d’outils de chimie computationnelle de fine pointe.
En plus d’un système SGIMC OriginMC à 24 processeurs et d’un système IBMMC RegattaMC à 32 processeurs dont dispose le Centre, d’autres appareils de traitement informatique à haute performance sont aisément accessibles dans les autres installations de Merck à l’échelle mondiale. L’utilisation de méthodes computationnelles de fine pointe et des méthodes de chimie médicinale et de biologie expérimentale pour valider les hypothèses représente un atout majeur et contribue à positionner Merck Frosst Canada Ltée à l’avant plan de la mise au point de médicament.
® Marque déposée de Merck & Co., Inc., utilisée sous licence. MMFF est la propriété de Merck & Co., Inc. AMBER : © Copyright Regents of the University of California, 1984-2000. MCSGI et Origin sont des marques de commerce de Silicon Graphics, Inc. MCIBM et Regatta sont des marques de commerce de International Business Machines Corporation. .
